ペインの方法はざっと 2 種類あります。
現在のペインを別ウィンドウに持っていく
現在のウィンドウにどこかららペインを持ってくる
現在のペインを別ウィンドウに持っていく
prefix後:join-pane -t [session名]:<windowインデックス値>を実行することで、アクティブなペインを<windowインデックス値>の Window に移動できます。[session名]は、セッションが 1 つだけの場合は省略できます。
現在のウィンドウにどこかららペインを持ってくる
-tではなく、-sを使うと Window 基準になります。こちらも引数は[session名]:<windowインデックス値>のようになりますが、続けて[session名]:<windowインデックス値>.[ペイン番号]と狙ったペイン番号を指定できます。というのは[ペイン番号]はデフォルトで、その Window を操作した時の最後にアクティブだったペインの番号になる為です。