ワークスペース機能を使うと１つのプロジェクトで複数のnpmパッケージを管理できるようになり、かつnode_modulesを１箇所にまとめることができます。

設定

プロジェクトルートのpackage.jsonへは以下のような設定が必要になります。

private:trueは必ず設定が必要です。workspacesへはパッケージとなる(package.jsonを持っている）ディレクトリへのパターンや相対パスを記述します。

これで例えば、exampleやpackages/foo/hogeといったディレクトリがpackage.jsonを持っていればnpm管理プロジェクトだとすることができます。
この状態でexampleとpackages/foo/hoge双方でreactをインストールするとルートのnode_modulesだけにreactディレクトリが作られます。（bin系は各ディレクトリに作られる）

ルートへのパッケージインストール

ルートに共通パッケージをインストールしたい時などは-Wオプションが必要になります。