Vscode の Eslint 拡張はデフォルトで.*のような感じで無視設定されているのか.foo.jsや.direcotry/foo.jsのようなファイルをフォーマットしようとしてもExtension 'ESLint' cannot format '...'のような文章がでるだけとなってしまいます。

.eslintignore を置く

.*のような感じで設定されているという事から、自身の.eslintignoreでそれを打ち消す設定が必要でした。例えば.foo.jsや.directory/foo.jsを対象にフォーマットしたいなら以下のような.eslintignoreを作成します。