tscコマンドに--showConfigを付けることで「ちゃんと対象のファイルがincludeに含まれているか」など内容を確認できます。

もし、tsconfig.*.jsonのように複数の設定ファイルがあるなら-Pオプションフラグで指定することで、その設定ファイルでの内容を確認できます。