以下の手順でできます。
管理しているサブモジュールのコミットハッシュを取得
サブモジュールの中でそのコミットハッシュに
git reset --hardサブモジュールを更新する
# 管理しているサブモジュールのコミットハッシュを取得
git submodule status
# +561f1760b97ad7e0743e9d300828b18842b65d83 ...
sh -c 'cd && git reset --hard 561f1760b97ad7e0743e9d300828b18842b65d83'
# ブモジュールを更新
git submodule update
# Submodule path '': checked out '9c949cf0bd3e326f30ac3147247e21cd0ad29517' 
