今masterブランチでfooという Submodule は aaaaaa というコミットが最新です。そしてそこから、update-submoduleというブランチを切って Submodule 情報を更新して、 bbbbbb というコミットを最新にしました。
その後、git checkout masterで元ブランチに戻ると foo ディレクトリに差分ができています。
git status
# On branch master
# Your branch is up to date with 'origin/master'.
#
# Changes not staged for commit:
# (use "git add ..." to update what will be committed)
# (use "git checkout -- ..." to discard changes in working directory)
# modified: foo (new commits) 元ブランチに戻ったときの submodule の差分を解決する
これは以下のコマンドで直すことができます。 Submodule を最初期化する感じです。
git submodule update --init
