大抵はこれで持ってくるはずです。

git clone 

これに、-bオプションと保存先ディレクトリを指定してあげるだけです。

git clone -b   

そのブランチ情報だけ持ってくる

--single-branchを指定するとリモート上のブランチなどを取ってこなくなります。 これでクローンしてくると、.git/configファイルが以下のようになっています。

[remote "origin"]
        url = 
        fetch = +refs/heads/fix/:refs/remotes/origin/fix/

これが作業ブランチだとして、masterブランチだけは定期的に取り込むために参照したいような場合は、このファイルのfetchを追加します。

[remote "origin"]
        url = 
        fetch = +refs/heads/:refs/remotes/origin/
        fetch = +refs/heads/master:refs/remotes/origin/master

これでfetchすれば取ってこれると思います。

$ git fetch
$ git branch -a
* 
  remotes/origin/
  remotes/origin/master

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