新しく作ったブランチで Submodule 情報を更新後、元ブランチに戻ると submodule の差分が残ったら

masterブランチでfooという Submodule は aaaaaa というコミットが最新です。そしてそこから、update-submoduleというブランチを切って Submodule 情報を更新して、 bbbbbb というコミットを最新にしました。
その後、git checkout masterで元ブランチに戻ると foo ディレクトリに差分ができています。

git status
# On branch master
# Your branch is up to date with 'origin/master'.
#
# Changes not staged for commit:
#   (use "git add <file>..." to update what will be committed)
#   (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
#         modified:   foo (new commits)

元ブランチに戻ったときの submodule の差分を解決する

これは以下のコマンドで直すことができます。 Submodule を最初期化する感じです。

git submodule update --init