.eslintrc.jsなどの自分の設定ファイルはデフォルトで除外設定になっているのか、そのままではエラーになります。これは--ignore-patternまたは--no-ignoreオプションを使ってそのコマンド中のみ解除できます。
以下のように実行で動くはずです。
yarn eslint --fix .eslintrc.js --ignore-pattern '!.eslintrc.js'
yarn eslint --fix .eslintrc.js --no-ignore # すべて解除